Инструкцией

<xsl:template match="@* | node()">
 <xsl:copy>
  <xsl:apply-templates select="@* | node()"/>
 </xsl:copy>
</xsl:template>

копирую все подряд, нужно в каждый элемент добавить атрибут number, в который записать порядковый номер элемента:

<Root>
 <El1 number="1"/>
 <El1 number="2"/>
  <El2 number="1"/>
  <El2 number="2"/>
  <El2 number="3"/>
 <El1 number="3"/>
</Root>

Использование position() не спасает, т.к. элементы идут в перемешку, а считать необходимо элементы с одинаковыми именами…

A [olpa].

count(preceding-sibling::*) + 1